Sejalan dengan perkembangan daerah dan kebutuhan tenaga kerja baik di Pemerintah Daerah maupun Industri, tahun ajaran 1997/1998, program studi Diploma II tersebut ditingkatkan jenjangnya menjadi Diploma III. Hal ini diperkuat oleh Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 086/O/1997. Surat Keputusan ini selain berisi hal tersebut di atas juga menyatakan kemandirian menjadi Politeknik Negeri Samarinda (Polnes) dan terlepas dari Universitas Mulawarman sebagai Universitas pembina.